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Il sistema fisico di D è costituito dagli elementi (entità): foglio, fascicolo, guardie, coperture. I fogli sono a loro volta scindibili in pagine. Questo passaggio è stato eseguito in maniera approssimativa, e sarà perfezionato (cf. Di Fazio p. 101). Quello che interessa è che gli elementi grafici sono organizzati nelle pagine all'interno di uno specchio di scrittura che lascia dei margini (superiore, inferiore, sinistro, destro), sui quali è possibile trovare elementi grafici “eccezionali”. Si trova regolarmente la numerazione del semi-foglio (carta), margine alto, sulla destra, di mano recente; e quella del (bi-)foglio all'interno del fascicolo (quinterno), margine basso, sulla destra, di mano antica. Si trovano occasionalmente aggiunte, note, timbri, etc. All'interno dello specchio di scrittura gli elementi grafici sono organizzati in linee, che lasciano degli interlinei, nei quali è possibile trovare elementi grafici “eccezionali” di vario tipo. Riassunto degli elementi individuati, con indicazione delle entità assegnate:
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